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LDSC安装

正常安装方法:
git clone https://github.com/bulik/ldsc.git#下载ldsc
cd ldsc #进入ldsc文件夹
conda env create --file environment.yml #配置ldsc环境
source activate ldsc #激活ldsc环境
./ldsc.py -h #查看ldsc程序是否能正常运行
./munge_sumstats.py -h #查看munge_sumstats是否能正常运行出错后手动安装方法:
conda install python=2.7 #安装python 2.7
conda install pybedtools=0.7 #安装pybedtools 0.7
conda install nose=1.3 #安装nose 1.3
conda install bitarray=0.8 #安装 bitarray 0.8
pip install scipy==0.18 #安装scipy 0.18
pip install pandas==0.20 # 安装pandas 0.20
pip install numpy==1.16 #安装numpy 1.16
export PATH=~/ldsc:$PATH #配置环境变量
echo $PATH坑:
pip安装的 scipy pandas numpy 在conda环境里无法使用,python import 这几个模块报错,只能用conda install scipy=0.18这样安装。
 
http://www.jsqmd.com/news/415532/

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