绵羊线粒体数据mafft多序列比对：线程数目对速度的影响

 

001、 基础脚本

mafft --thread xx --globalpair --maxiterate 1000 combined.fasta      ## xx为线程数目

 

 

002、速度对比(100个绵羊线粒体基因组）

(base) [b20223040323@admin2 x_test_step2]$ ls
16_thread  32_thread  4_thread  60_thread  8_thread
(base) [b20223040323@admin2 x_test_step2]$ find ./ -name "*.time" | sort -V | while read i; do name=$(basename $i); cat $i|awk -v a=$name '{print a"\t"$0}'; done
thread_4.time   Elapsed time: 2632
thread_8.time   Elapsed time: 1156
thread_16.time  Elapsed time: 666
thread_32.time  Elapsed time: 435
thread_60.time  Elapsed time: 839

 

 

最优线程数目是32

。