Linux 中快速从查看vc文件中指定位置的碱基

 

Linux 中快速从查看vc文件中指定位置的碱基。

 

001、

(base) [b20223040323@admin2 x_test]$ time bcftools view NC_056078.1.vcf.gz -r NC_056078.1:178568-178568 | grep -v "^#" | cut -f 1-10
NC_056078.1     178568  .       G       A       .       .       .       GT      1|1real    0m0.038s
user    0m0.025s
sys     0m0.020s
(base) [b20223040323@admin2 x_test]$ time zcat NC_056078.1.vcf.gz | grep -v "^#" | grep -P "\t178568\t" | cut -f 1-10
NC_056078.1     178568  .       G       A       .       .       .       GT      1|1real    0m13.303s
user    0m32.950s
sys     0m2.280s

 

 

bcftools速度明显优于shell.

 

。