loupeR软件包 | 手动下载 | 上传执行文件 | 改barcode为10x格式

1、github下载安装包：

https://github.com/10XGenomics/loupeR

在R中安装包：

unzip("/data/hkl/R/package/loupeR-main.zip") install.packages("loupeR-main", repos = NULL, type = "source")

2、执行文件

library(loupeR) loupeR::setup()

网络不好，不能下载执行文件，手动下载

wget -c --timeout=300 'https://github.com/10XGenomics/loupeR/releases/download/v1.1.4/louper-linux-x64'

把这个文件放到~/.local/share/R/loupeR下，没有该目录就创建

把执行文件改名为“louper”

加执行权限

chmod +x ~/.local/share/R/loupeR/louper

再次loupeR::setup()，会出现“确认同意”

就可以生成loupe文件了

create_loupe_from_seurat(skin_aging_har_jo_filtdoublet)

3、改成10x的barcode

读入时，细胞名是

loupeR官网要求10x的barcode格式

解决：增加一个16位碱基的barcode

export<-RenameCells(skin_aging_har_jo_filtdoublet,"AAACCCAAGAAACTGT-1")

这样只加前缀，软件可以识别，但是每个细胞名是不一样的