Linux 中统计每条染色体上gap的数目

 

001、将fasta碱基转换为一行

(base) [b20223040323@admin2 test11]$ ls
a.fasta
(base) [b20223040323@admin2 test11]$ cat a.fasta
>chr1
AANNNAACC
CCNNTTTTN
NNGGGG
>chr2
TTTNNNTTC
NNNCCCGGG
CCCCCCC
>chr3
CCTTTGGGC
CCCNNNCCC
CCCTTTT
(base) [b20223040323@admin2 test11]$ awk '{if(NR == 1) {print $0} else if($0 ~ /^>/) {printf("\n"); print $0} else {printf("%s", $0)}} END {printf("\n")}' a.fasta
>chr1
AANNNAACCCCNNTTTTNNNGGGG
>chr2
TTTNNNTTCNNNCCCGGGCCCCCCC
>chr3
CCTTTGGGCCCCNNNCCCCCCTTTT
(base) [b20223040323@admin2 test11]$ awk '{if(NR == 1) {print $0} else if($0 ~ /^>/) {printf("\n"); print $0} else {printf("%s", $0)}} END {printf("\n")}' a.fasta  > b.fasta

 。

 

002、统计每条染色体上的gap数据

(base) [b20223040323@admin2 test11]$ ls
a.fasta  b.fasta
(base) [b20223040323@admin2 test11]$ cat b.fasta      ## 上一步转换出来的单行碱基fasta文件
>chr1
AANNNAACCCCNNTTTTNNNGGGG
>chr2
TTTNNNTTCNNNCCCGGGCCCCCCC
>chr3
CCTTTGGGCCCCNNNCCCCCCTTTT
(base) [b20223040323@admin2 test11]$ awk -F "N+" '$0 ~ /^>/ {chr=$1; next} {print chr, NF - 1}' b.fasta     ## 统计每条染色体上的gap数目
>chr1 3
>chr2 2
>chr3 1

。