001、报错日志：
a、org.broadinstitute.hellbender.exceptions.GATKException: Error initializing feature reade
b、Caused by: java.io.IOException: Unexpected compressed block length: 1 for /public/home/b20223040323/004_ngs_ancient_DNA/z_587_mid_east_data_analy/02_second_587/027_qc/014_DBI_module/x_all_merged_vcf/x_check/whole_genome_rm2_snp.vcf.gz.tbi
002、背景
a、超大snp文件
(base) [b20223040323@admin2 x_check]$ ll -h whole_genome_rm2_snp.vcf.gz -rw-rw-r-- 1 b20223040323 b20223040323 1.3T 3月 4 06:35 whole_genome_rm2_snp.vcf.gz
b、用的GATK构建的索引文件
gatk IndexFeatureFile \-I whole_genome_rm2_snp.vcf.gz
003、解决方法
删除原来的索引文件，重新使用bcftools对 whole_genome_rm2_snp.vcf.gz 构建索引。