多组学之互作组—染色质互作

人类基因组中只有1.5%的序列是蛋白编码序列【1】。其余的序列对基因在细胞发挥发育和行为的合适功能起至关重要的作用【2】。解析转录过程的分子细节是我们理解人类发育和人类疾病分子机制的基础。目前我们对分子细节的理解仍然在停留假设阶段而且理解的十分有限。比如如下这些疑问尚未得到完全解决：1）每个基因的转录调控序列是哪些？2）哪些顺式调控序列控制了基因的特异表达？3）哪些表观信息在发育过程中得到储存和遗传，这些表观信息如何控制基因的表达？第一个科学问题目前在人类基因组研究中取得了很大的进展，目前在人类的1518个细胞系中发现了1,063,878条顺式调控序列（https://screen.encodeproject.org）。但是确定特定基因表达相关的顺式元件，这个进展不大【3】。目前解析enhancer与promoter关系的实验方法是CRISPRi技术，是通过将目标enhancer进行屏蔽，进而弄清这个enhancer是否导致目标基因的表达变化【4】。

参考文献：

1、International Human Genome Sequencing Consortium. "Finishing the euchromatic sequence of the human genome."Nature431, no. 7011 (2004): 931-945.

2、Feingold, E. A., P. J. Good, M. S. Guyer, S. Kamholz, L. Liefer, K. Wetterstrand, F. S. Collins et al. "The ENCODE (ENCyclopedia of DNA elements) project."Science306, no. 5696 (2004): 636-640.

3、He, Bing, Changya Chen, Li Teng, and Kai Tan. "Global view of enhancer–promoter interactome in human cells."Proceedings of the National Academy of Sciences111, no. 21 (2014): E2191-E2199.

4、Chen, Zhuoxin, Valentina Snetkova, Grace Bower, Sandra Jacinto, Benjamin Clock, Atrin Dizehchi, Iros Barozzi et al. "Increased enhancer–promoter interactions during developmental enhancer activation in mammals."Nature genetics56, no. 4 (2024): 675-685.