bcftools view 删除样本时线程对速度的影响

 

001、基础命令

#!/usr/bin/env bash
#SBATCH   -J rm_2
#SBATCH   -p Cnode3
#SBATCH   -o %j.rm_2.result
#SBATCH   -e %j.rm_2.error
#SBATCH   -t 168:00:00
#SBATCH   --mem 100G
#SBATCH   -N 1
#SBATCH   -n 8                                                  ## 修改线程数目
#SBATCH --cpus-per-task=1## tabix -p vcf whole_genemo.vcf.gz && echo tabix done || echo tabix failbcftools view -S ^remove.txt \--threads 8 \                                                       ## 修改线程数目以及输出文件名-Oz -o whole_genome_rm2.vcf.gz \whole_genemo.vcf.gz && echo bcftools remove done || echo bcftools remove fail

 

 

 

 。

 

8线程为最佳选择！。