TMT蛋白质组学局限于相对定量？
基于TMT的定量蛋白质组学中比值压缩如何产生？为何其局限于相对定量？
比值压缩的机制与影响
在基于串联质量标签 (TMT)的定量蛋白质组学中，比值压缩是种公认的分析伪影。其主要源于MS/MS分析中多个肽段离子的共分离与共碎裂——具有相似质荷比（m/z）的报告离子信号会因不同肽段的贡献重叠而混淆。这种干扰导致不同样本间的报告离子强度相互混杂，进而低估真实的丰度差异。
因此，样本间的差异倍数可能被人为压缩，尤其是在存在显著表达差异时。极端情况下，比值可能趋近于1，掩盖具有生物学意义的变化，导致蛋白质表达水平的定量结果不准确。
为减轻这一伪影，研究人员已开发多种校正策略，包括用于比值压缩调整的计算算法，以及利用内标添加物或参考通道的归一化方法，这些策略有助于部分恢复定量准确性。
为何基于TMT的定量局限于相对定量而非绝对定量？
TMT通过肽段的同位素标记发挥作用，借助报告离子强度的比较实现多个样本的同时分析。但该方法本质上仅适用于相对定量，而非绝对定量。
缺乏绝对定量参考标准：TMT实验流程通常不包含同位素标记内标或外部校准曲线，而这２者是测定蛋白质绝对丰度的关键要素。
质谱响应存在变异性：不同肽段和蛋白质的离子化效率及仪器响应因子存在差异，导致信号强度与绝对浓度无法直接关联。因此，基于TMT的检测仅能用于不同条件间的比较分析，无法提供独立的绝对定量结果。
串联质量标签 (TMT) 系统
表1 TMT和TMTpro的试剂特点比较
图1 TMTpro标记试剂的结构设计
TMTpro试剂结构的功能区域包括通过更高能量碰撞解离 (HCD) 的MS/MS裂解位点
图2 使用TMTpro或TMT原始同量异序标签试剂进行MS实验的概要介绍
分离自细胞或组织的蛋白质提取物被还原、烷基化，然后使用EasyPep Mini MS样品制备试剂盒或等效方法酶切。然后在样品混合、分馏和净化之前，用TMT或TMTpro试剂标记样品。在数据分析之前，在高分离度Orbitrap LC-MS/MS质谱仪上分析标记样品，以识别肽段并定量分析报告离子的相对丰度。
参考
[0] https://www.mtoz-biolabs.com/how-does-ratio-compression-arise-in-tmt-based-quantitative-proteomics-and-why-is-it-limited-to-relative-quantification.html
[1] https://www.thermofisher.cn/cn/zh/home/life-science/protein-biology/protein-mass-spectrometry-analysis/protein-quantitation-mass-spectrometry/tandem-mass-tag-systems.html#anchor2
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