4.2 链特异性（Strand-specific）和非链特异性（Unstranded）

参考来源：https://book.ncrnalab.org/teaching/part-iii.-ngs-data-analyses/2.rna-seq/2.1.expression-matrix

• 非链特异性：两个接头（Adapter）得到的read1和read2中均有正义的cDNA和反义的cDNA。

• 链特异性：两个接头（Adapter）得到的read1和read2中分别只有一种cDNA，要么是正义的要么是反义的cDNA。

软件RSeQC中的infer_experiment.py命令可以用来确定连特异性：

Fraction of reads explained by "1++,1--,2+-,2-+": 0.4792
Fraction of reads explained by "1+-,1-+,2++,2--": 0.4977

• 如果是"1++, 1--, 2+-, 2-+" (对应 Ligation 法)
  • 1++：Read 1 比对到正链，基因也在正链。（完美重合，方向相同）
  • 1--：Read 1 比对到负链，基因也在负链。（完美重合，方向相同）
  • 2+-：Read 2 比对到正链，但基因在负链。因为是双端测序，R2 本来就该和 R1 反向，所以这很正常。
  • 2-+：Read 2 比对到负链，但基因在正链。同理。
  • 如果这组的比例极高（比如占 99%），说明你的建库方式保证了 Read 1 就是 RNA 的原始方向
• "1+-, 1-+, 2++, 2--" (对应 dUTP 法)
  • 1+-：Read 1 比对到正链，但基因实际在负链。（Read 1 是 RNA 的反向互补链）
  • 1-+：Read 1 比对到负链，但基因实际在正链。（Read 1 是 RNA 的反向互补链）
  • 2++：Read 2 比对到正链，基因也在正链。（方向相同）
  • 2--：Read 2 比对到负链，基因也在负链。（方向相同）
  • 如果这组的比例极高（比如占 99%），说明 Read 1 是反义链，Read 2 才是真正的 RNA 方向--> dUTP 法
• 如果比例接近1:1，说明是非链特异性的！！！！