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Freshman 大模型学习记录

我第一次复现科研自动化项目:从论文摘要到 RAG 问答系统的完整流程💻 🖥️ ⌨️

进实验室实习的第一个任务,感觉挺简单的,都不好意思发博客,从小开始,希望能坚持下去,一年后再回来看不知道怎么想

  • (ง •̀_•́)ง

尝试使用智谱大模型API,和PubMed的api,在Python编程环境下复现论文《Inferring Drug–Gene Relationships in Cancer Using Literature-Augmented Large Language Models》的关键功能代码:基于大模型api+pubmed api,输入基因名称和药物名称,输出基因和药物的关系

问题:
医学和生物领域文献很多,人工查找基因、药物、疾病之间的关系成本很高。

普通 GPT 的问题:
直接问 GPT,可能会编造不存在的证据。

RAG 的想法:
先从数据库检索相关摘要,再让模型基于检索内容回答,从而降低幻觉。

用户问题

构造 PubMed 查询

发送 HTTP 请求

解析 XML 文献摘要

整理 evidence

构造 Prompt

调用 LLM

输出带证据的回答

其实作为一个小白,代码还是用ai写的。深入研究代码的过程我感觉是提升最明显的,HTTP 请求XML 解析JSON 格式Prompt 设计等,先用gpt帮我讲解相关知识点。然后通读代码,明确了各个部分的功能

这个项目虽然只是摘要级复现,但它让我理解了科研自动化的一个基础流程:从数据库获取文献证据,再让模型基于证据进行推理。更复杂的科研自动化系统可能还会加入 PDF 解析、实验代码复现、图表分析、结果验证和自动写作等模块

http://www.jsqmd.com/news/1045750/

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