解决SCEVAN拷贝数变异分析的ragg依赖问题

一、遇到问题解决问题

在2026最新scRNA-seq分析流程制作过程中，我们也替大家踩了很多坑，我们也把大家常见的问题都收录下来，方便大家查阅和Debug，更多报错收录见合集：答读者问

缺少ragg包导致无法正常运行SCEVAN

SCEVAN是一个R包，它从scRNA-seq数据的原始计数矩阵开始，通过将肿瘤微环境的非恶性细胞与恶性细胞分离来自动对活检中存在的细胞进行分类，并表征这些恶性细胞的克隆结构。它识别具有不同拷贝数结构的细胞亚群，并报告每个亚群的特异性和共享改变。该工具的目的是通过允许以非常简单且完全无监督的方式执行整个分析来自动化整个分析。

通过从胶质母细胞公共数据集(GSE131928)加载MGH106样本的scRNA-seq数据，使用SCEVAN可以实现对该样本的拷贝数变异分析。

single_result<- SCEVAN::pipelineCNA(count_mtx,# 单样本每个基因在每个细胞的表达矩阵sample="MGH106",# 保存结果的样本名称par_cores=4,# 分析所用核心数SUBCLONES=TRUE,# 如果对克隆结构感兴趣，则为 TRUE，否则仅为恶性和非恶性细胞分类感兴趣，则为 FALSE（可选 - 默认值为 TRUE）plotTree=TRUE)# 绘制系统发育树（可选 - 默认值为 FALSE）

但是你可能还会遇到如下报错:

（1）报错界面

Errorinf(...):GraphicsAPIversion mismatch

（2）原因

缺少ragg包导致无法正常运行。

（3）解决方法

可以尝试在Rstudio 运行 install.packages(“ragg”)，但是这时候可能还是会因为一些可能的权限原因提示无法安装，可以去linux端，执行sudo,启用管理员权限后再执行install.packages(“ragg”)，将ragg包的版本更新至‘1.4.0’