一文看懂 Stereo-seq：原理、流程、FAQ 与顶级期刊案例

同样是检测RNA表达，普通RNA-seq为何只能得到一份“表达清单”？根源在于样本处理破坏了组织结构，丢失全部位置信息；空间转录组则另辟蹊径，完整留存组织切片形态，绘制带有空间坐标的基因表达地图。凌恩生物搭载华大 Stereo-seq 空间原位测序技术，可完成组织、细胞、亚细胞、分子四层尺度同步解析，突破传统转录组仅能定量、无法定位的研究局限。

区别于常规转录组测序，二者核心研究逻辑存在本质差异：

✔ Stereo-seq仍然是“转录组”技术

它关注的是 RNA，尤其是 mRNA 或特定空间的RNA表达水平。

✔ Stereo-seq不是单纯做表达矩阵

它要求每个表达信号都有空间坐标，能够回到组织图像上。

✔ Stereo-seq的解释必须结合组织结构

空间转录组不只看“哪个基因高表达”，而是要看这个基因在什么区域、什么细胞、什么邻域和什么病理结构中表达。

总结来说：空间转录组 = 基因表达矩阵 + 空间坐标 + 组织图像 + 生物学问题

FF样本类型产品优势：

FFPF样本类型产品优势：

图 Stereo-seq FF / FFPE产品亮点

1.技术原理

图 DNB纳米球和CID共同实现组织空间坐标捕获

2.实验流程

a. 样本准备：FF/FFPE样本切片，控制尺寸，进行固定、包埋处理，避免组织变形；

b. 芯片结合与透化：将组织切片与Stereo-seq芯片结合，透化处理释放细胞内mRNA；

c. 原位捕获与合成cDNA：针对FF样本，mRNA与DNB上的poly（dT）探针结合；FFPE样本通过随机引物扩增获得mRNA；

d. 文库构建与测序：捕获的cDNA扩增构建测序文库，通过DNBSEQ完成测序；

e. 数据分析与可视化：通过SAW软件，构建空间基因表达图谱并可视化。

FF样本实验流程：

FFPE实验流程：

图 时空转录组Stereo-seq FF / FFPE工作流程

3.关于时空组学stereo-seq常见问题

⭕️ FAQ1.样本中有较多脂肪，需要包埋前尽量剔除么？会对实验造成什么影响？

如果研究本身不关注脂肪细胞，建议尽量去除样本外周的脂肪后再进行OCT包埋。根据已有经验，若样本内有脂肪，切片容易出现碎裂、褶皱的现象，如乳腺癌样本，带脂肪的肠道组织。

⭕️ FAQ2.冰冻切片组织内有空洞/裂痕是何原因？

排除组织类型自身的影响，组织撕裂或者空洞形成有可能以下几方面原因。（1）OCT凝固过程中，缓慢冰冻时形成的冰晶；（2）是组织包埋过程中引入的气泡；（3）是贴片过程中，采用的小刷子不合适，或者防卷板/刀片有裂痕，导致切片损伤。

⭕️ FAQ3.空间转录组技术对包埋样品的要求是什么？

一般要求如下：1）组织四周被包埋剂充分包裹，无裸漏。样品外缘建议留0.5cm以上的包埋剂；2）用于包埋的组织块表面水分尽量吸干/沾干，组织块和OCT之间一定不能有气泡；3）新鲜组织离体30分钟内完成包埋，效果最佳。

经典案例

期刊：Cell （IF=42.5）

技术策略：Stereo-seq

发表日期：2025年8月28日

物种样本：小鼠 FFPE 脑组织

本研究使用Stereo-seq V2在小鼠脑FFPE样本中实现了全转录组空间映射，检测到超过4万个基因，包括大量非编码RNA。在三阴性乳腺癌（TNBC）FFPE样本中，识别出肿瘤特异性剪接事件和拷贝数变异。在结核分枝杆菌（Mtb）感染模型中，Stereo-seq V2同时捕获了宿主与病原体的转录本，并重建了免疫图谱，识别出Mtb特异性BCR克隆。

图Stereo-seq V2实验流程示意图（DOI：10.1016/j.cell.2025.08.008）

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