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脑网络动态组织拓扑数据分析(Topological Data Analysis, TDA)

脑网络动态组织拓扑数据分析(Topological Data Analysis, TDA)
利用TDA检测全脑激活图的全局时间分配。基于在时间和空间上的未压缩的数据,基于TDA的方法能够生成图论表征,说明大脑在扫描期间通过不同的功能配置来执行任务。当在连续多任务数据上计算时,这些表征(如community和core-periphery组织)反映了全脑激活图的时间配置。

参考文献:Saggar M, Sporns O, Gonzalez-Castillo J, et al.Towards a new approach to reveal dynamical organization of the brain using topological data analysis[J]. Nature Communications, 2018, 9(1): 1399

image
TDA circus图
https://www.sohu.com/a/219312081_297710

动态方法中的每个时间窗内至少需多少个时间点才算合理?有什么依据吗?
如果做动态功能连接,考虑到功能连接一般滤波(<0.1 Hz,对应100 s),一般TR=2s时候,取50个时间点,能保证滤波对其影响不大。但是没有统一的规则来说一个滑动窗里面多少时间点合理。
在最近的一个动态ReHo文章中,作者采用了多个长度的时间窗(20, 50, 100, 200, and 400时间点)[ref: Hudetz, A.G., Liu, X., Pillay, S., 2014. Dynamic Repertoire of Intrinsic Brain States Is Reduced in Propofol-Induced Unconsciousness. Brain Connect.]。
http://www.restfmri.net/forum/node/2044

相关软件:DynamicBC
https://www.bilibili.com/video/BV1wt4y197Pw?from=search&seid=17235941856901869224

http://www.jsqmd.com/news/166061/

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