环境的搭建和激活
点击查看代码
conda create --name biobakery3 python=3.7
conda activate biobakery3
设置conda的环境
conda config --add channels defaults
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels biobakery
安装HUMAnN3的软件的demo数据库（用于测试软件）
conda install humann -c biobakery
检测软件是否安装成功 但是这部分软件我并未成功安装，数据库下载之后始终没有和软件相匹配，因而上部分的内容就权且用于参考吧。但总而言之，humann的安装首先要安装数据库和metaphlan4的软件
查看软件的版本
conda activate humann4
humann --version
软件运行
humann --input $SAMPLE --output $OUTPUT_DIR
$SAMPLE 的意思是：“在这里，您应该放入您自己的输入文件的路径和文件名”，而$OUTPUT_DIR 的意思是：“在这里，您应该放入您想创建的输出目录的路径”
下面是不同格式文件的输入方式（输入的文件是demo.不同格式的话）
humann --input examples/demo.fasta --output $OUTPUT_DIR
humann --input examples/demo.fastq --output $OUTPUT_DIR
humann --input examples/demo.sam --output $OUTPUT_DIR
humann --input examples/demo.m8 --output $OUTPUT_DIR
workflow
1. 对存放在 $INPUT_DIR 目录下的每一个过滤好的 fastq 样本文件，逐一运行 HUMAnN 软件进行分析，并把所有生成的结果文件都保存到 $OUTPUT_DIR 目录里
for $SAMPLE.fastq in $INPUT_DIR #(待分析的文件)
humann --input $SAMPLE.fastq --output $OUTPUT_DIR
Replace $SAMPLE.fastq with the name of the fastq input file
Replace $OUTPUT_DIR with the full path to the folder to write output
输出文件为$SAMPLE_2_genefamilies.tsv和$SAMPLE_4_pathabundance.tsv.
2. 对丰度输出文件进行标准化处理（如针对SAMPLE_2_genefamilies.tsv文件）
humann_renorm_table --input $SAMPLE_2_genefamilies.tsv --output $SAMPLE_2_genefamilies_relab.tsv --units relab
3. 将所有样本的 HUMAnN 运行结果中的输出文件（基因家族和丰度）合并为三个文件（但官方文档只提了前两种，输出的结果文件分别为humann_2_genefamilies.tsv和humann_4_pathabundance.tsv）
3.1 合并基因家族文件
humann_join_tables --input $OUTPUT_DIR --output $OUTPUT_DIR/genefamilies.tsv --file_name 2_genefamilies_relab.tsv
3.2 合并丰度文件
humann_join_tables --input $OUTPUT_DIR --output $OUTPUT_DIR/pathabundance.tsv --file_name 4_pathabundance.tsv
3.3 合并其他文件（如SAMPLE_3_genefamilies.tsv）
humann_join_tables --input $OUTPUT_DIR --output $OUTPUT_DIR/other.tsv --file_name 3_genefamilies.tsv