GO富集分析原理

01 一个例子

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某一个物种中有GO term注释的所有基因为N，其中一个你感兴趣的GO term中的基因有M个，你的目的基因有n个，你的目的基因在你在感兴趣的GO term中的个数有k个：

02 超几何检验的R代码实现

phyper(k - 1, M, N-M, n, lower.tail = FALSE) # lower.tail = FALSE 表示P[X > k - 1]，即计算抽中的数目大于等于k的概率。