bcftools 对vcf文件的名称进行批量重命名

 

001、准备配置文件

(base) [b20223040323@admin2 02_v2]$ head chr_map.txt
NC_056054.1     1
NC_056055.1     2
NC_056056.1     3
NC_056057.1     4
NC_056058.1     5
NC_056059.1     6
NC_056060.1     7
NC_056061.1     8
NC_056062.1     9
NC_056063.1     10

 

002、批量重命名

bcftools annotate --rename-chrs chr_map.txt -Oz -o whole_genome_filtered_snp_plink_renamed.vcf.gz whole_genome_filtered_snp_plink.vcf.gz

 

 。