【Gromacs】分子动力学的mdp文件解析

DJJ：我的mdp文件包括下图中的8个文件，下面是关于这些文件的解释：

step6.0_minimization.mdp能量最小化无 “时间” 概念（按步数收敛，非动力学）

step6.1~6.6_equilibration.mdpNVT/NPT 平衡模拟控制平衡阶段的总时长（通常 ps 级别）

step7_production.mdp生产分子动力学控制核心模拟的总时长（通常 ns 级别）

DJJ：如何修改动力学时间

主要是修改step7_production.mdp中的nsteps，GROMACS 模拟总时长（单位：ns）= nsteps × dt × 10^-3

（注：dt 单位是 ps，nsteps × dt 得到总时长 ps，1 ns = 1000 ps，因此除以 1000 转换为 ns）

DJJ：上面是10ns的运行结果

要把模拟时长改成 200 ns，核心是调整nsteps（总步数），dt保持 0.002 ps 不变（改 dt 易导致模拟不稳定）。

修改为200ns：新 nsteps = 200 × 1000 ÷ 0.002 =100000000（1 亿步）

step7_production.mdp文件解析：（如下是step7_production.mdp）

integrator = md dt = 0.002 nsteps = 100000000 nstxout = 0 nstvout = 0 nstfout = 0 nstcalcenergy = 1000 nstenergy = 500000 nstlog = 500000 nstxout-compressed = 500000 ; xtc compressed trajectory output every 5000 steps compressed-x-precision = 1000 ; precision with which to write to the compressed trajectory file ; cutoff-scheme = Verlet nstlist = 20 rlist = 1.2 vdwtype = Cut-off vdw-modifier = Force-switch rvdw_switch = 1.0 rvdw = 1.2 coulombtype = PME rcoulomb = 1.2 ; tcoupl = V-rescale tc_grps = SOLU MEMB SOLV tau_t = 1.0 1.0 1.0 ref_t = 310.15 310.15 310.15 ; pcoupl = Parrinello-Rahman pcoupltype = semiisotropic tau_p = 5.0 compressibility = 4.5e-5 4.5e-5 ref_p = 1.0 1.0 ; constraints = h-bonds constraint_algorithm = LINCS continuation = yes ; nstcomm = 100 comm_mode = linear comm_grps = SOLU_MEMB SOLV

DJJ：上面是200ns的设置：总时长（ps）= 100000000 × 0.002 = 200000 ps