R基础（一）：软件、R包安装

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一、安装所需软件

• R base
• RStudio

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二、R包安装

R包的3个来源

• CRAN
• bioconductor
• github

1. CRAN

# 安装CRAN来源的R包。单双引号都可
install.packages("")

2. bioconductor

# 安装bioconductor来源的R包。首次需安装BiocManager
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("DESeq2")

3. github

通过devtools安装

# 安装github来源的R包
# 1.通过devtools安装
install.packages("devtools")
devtools::install_github("satijalab/seurat")  # 去掉gitbub.com的地址，user/repo

通过BiocManager安装

# 2.通过BiocManager安装
BiocManager::install("satijalab/seurat")

通过remotes安装

# 3.通过remotes安装
## devtools本身依赖 remotes来实现从GitHub安装的功能。
## 直接使用remotes，避免了devtools的其他依赖，加载速度更快。
install.packages('remotes')
remotes::install_github(repo = 'satijalab/seurat', ref = 'develop')#（1）默认主分支（稳定版）
remotes::install_github('satijalab/seurat')
#等同于
remotes::install_github('satijalab/seurat', ref = 'main')#（2）开发分支（测试版）
remotes::install_github('satijalab/seurat', ref = 'develop')#（3）版本号
remotes::install_github('satijalab/seurat', ref = 'v5.1.0')#（4）特定提交（精确版本）
remotes::install_github('satijalab/seurat', ref = 'a1b2c3d')

通过源码包安装

• 需要安装Rtools，镜像：RTools: Toolchains for building R and R packages from source on Windows
• 步骤：下载→解压→devtools安装

devtools::install("D:/Downloads/seurat-main/")

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三、更换镜像

tools→global option→packages