vConTACT3: 机器学习实现可扩展和系统的病毒层级分类

https://www.nature.com/articles/s41587-025-02946-9

https://bitbucket.org/MAVERICLab/vcontact3/src/master/

安装

mamba create --name vcontact3 python=3.10 mamba activate vcontact3 #Or 最新版 cd Software git clone https://bitbucket.org/MAVERICLab/vcontact3.git cd vcontact3 python -m pip install . #数据库下载 wget -O v232.tar.xz https://zenodo.org/api/records/19198397/files/v232.tar.xz/content tar xf v232.tar.xz #环境安装 mamba install -c bioconda --file requirements.txt python -m pip install --no-deps .

使用

vcontact3 run \ -n All_100_vOTU_95_v2.fa \ -d /home/zhongpei/hard_disk_sda2/zhongpei/Software/vcontact3/ \ --db-version 232 \ -t 90 \ -f \ --quiet \ -e cytoscape