Nature 图表复现 | 样本分布图
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本文用
ggplot2+patchwork复现论文中常见的Oncoprint-like 布局（见 image2）：
- 上方：按靶点（Target）汇总的堆积柱状图（按 alteration 类型分层）
- 中部：肿瘤类型（Tumor type）× 靶点（Target）的计数热图，并在非零格显示数值
- 右侧：各肿瘤类型的总例数横向柱状图，并标注百分比
参考论文：
Verkerk, K., Spiekman, A.C., Haj Mohammad, S.F. et al.
Prospective evaluation of genomics-guided off-label treatment.
Nature (2026). https://doi.org/10.1038/s41586-026-10405-x
说明：示例数据为稀疏矩阵型模拟数据，用于复现排版与绘图逻辑；在实际应用中可替换为真实“癌种-靶点-alteration”统计表。
文章目录
- 图形结构（该类图在表达什么）
- 数据结构（绘图所需的最小输入）
- 实现要点（与 image2 的版式对应）
- 1) 列/行排序（决定整体可读性）
- 2) 热图底板 + 非零格覆盖
- 3) patchwork 拼接布局
- 复现代码（可直接运行）
- 图解读（对应 image2）
- 如何替换为真实数据（迁移指南）
- 1) 推荐输入格式（长表）
- 2) 仅有 Tumor × Target 计数时
- 3) 排序与分组控制
- 常见改动（版式与论文风格适配）
- 小结
图形结构（该类图在表达什么）
该类 Oncoprint-like 总览图通常用于汇总展示：
靶点总体频次与 alteration 构成（上方堆积柱）
- x 轴为 Target（如 MSI-H、ERBB2 等）
- y 轴为患者数（Number of patients）
- 填充颜色为 alteration 类型（Activating mutation / Amplification / Fusion / Inactivation / Other）
- 便于对比不同靶点的总体规模与 alteration 构成差异
癌种 × 靶点的分布矩阵（中部热图）
- 行为 Tumor type，列为 Target
- 单元格数值表示该癌种在该靶点上的患者数
- 颜色深浅与数值对应（Count 越大颜色越深）
- 用于定位“某靶点主要出现在哪些癌种”以及“某癌种富集哪些靶点”
癌种总体占比（右侧横向柱状）
- 对每个 Tum