Blast网站序列比对以及进化树的构建
#本篇为基于学校生物信息课的所讲内容记录，可能在记录的过程会加入自己的理解或者发生偏差，所以文章仅供参考（同时也为了完成老师布置的大作业hhhh），如果有错漏的地方欢迎交流指正/(ㄒoㄒ)/~~
1.Blast网站的用处
BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）网站的核心用途是进行生物序列的相似性比对，帮助研究人员在公开数据库中快速找到与目标序列相似的核酸或蛋白质序列。以下是其主要用途：
①功能注释：通过比对已知功能的基因或蛋白序列，推测未知序列的功能。
②物种鉴定：将未知物种的序列与数据库比对，判断其所属物种或近缘种。
③进化分析：寻找直系或旁系同源基因，用于构建系统发育树。
④变异检测：比对突变体与野生型序列，识别突变位点。
⑤引物设计验证：检查PCR引物是否特异性结合目标区域，避免非特异扩增。
⑥转录本分析：验证EST（表达序列标签）是否来自选择性剪接。
2.Blast网址
BLAST: Basic Local Alignment Search Tool
3.Blast的页面
Blast主页分为四个板块分别为
| 板块名称 | 我的序列是什么 | 我去搜什么数据库 | 核心用途 |
| Nucleotide BLAST（常指 blastn/blastn-short） | 一段核（DNA/RNA） | 核酸数据库（nt、refseq_rna、 16S 等） | 用核酸找核酸——看这条基因/片段在哪些物种里出现过，或检查引物特异性。 |
| Protein BLAST（常指 blastp/psi-blast | 一段蛋白质序列 | 蛋白数据库（nr、Swiss-Prot、RefSeq_protein 等） | 用蛋白找蛋白——注释未知蛋白功能、找同源蛋白、构建进化树。 |
| blastx | 一段核酸（通常是转录本或基因组片段） | 蛋白数据库 | 先把核酸按 6 框翻译成蛋白，再去搜蛋白库——最常用于 EST/转录组/基因组草图的功能注释：“我这段 DNA 可能编码什么蛋白？” |
| tblastn | 一段蛋白序列 | 核酸数据库（但库会被 动态 6 框翻译） | 用蛋白搜“可能藏在 DNA 里的同源基因”——找基因组中尚未注释的编码区、验证基因预测、跨物种找同源基因。 |
其实blast就是一个序列对齐的过程，让序列对到最齐。
4.blast的使用（以ARUKA基因在植物里面的进化为例进行展示）
4.1首先打开NCBI搜索AURKA基因
- 查找得到人源的AURKA基因，并点击
3.点击下载
4.下载基因序列的Fasta格式
5.点击blast
6.点击“Nucleotide Blast”
7.将下载好的AURKA基因的Fasta格式输入到上方的框中，并按照下图设置好需要Blast的对象
8.得到以下界面，Blast的结果图中可以粗略看到检索出来的物种之间的进化关系
9.根据物种、综合得分以及同源性下载不同植物物种的序列
10.以fasta格式进行下载
11.打开Mega软件
12.点击下图所示图标“Algin”，并新建一个文件
13.选择“DNA”
14.导入我们刚刚下载的Fasta格式文件
15.对数据进行比对之后，随后进行亲缘关系分析以及建树
16.建树
17.结果
以上是以人缘的AURKA基因在植物里面进行比较，同时也可以使用其他物种里面的AURKA基因进行比对，这里以拟南芥为例。