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脚本更新--低精度(visium)量化不同状态之间的空间关系

作者,Evil Genius
今天我们更新脚本,量化不同状态之间的空间关系。

我们解析一下:
对于visium,直径是55um,一个spot内部是co-localization。
临近的6个点,是adjacency。
更大的范围(r = 2-15),区域组成,分析丰度之间的相关性。
也就是说,随着区域面积增大,分析两种状态空间关系,识别出特定的尺度依赖性转变。
当然分析两种状态关系可以两种细胞类型,或者同一细胞类型的两种亚型,或者就是通路得分。
指标定义说明
区域组成预设半径(默认8个六边形窗口)内,两种细胞类型的丰度相关性衡量大尺度共分布趋势
邻接性一种细胞状态在另一种状态紧邻的邻域点(周围6个点)中的富集程度衡量边界/接触偏好
共定位<
http://www.jsqmd.com/news/710033/

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