作者，Evil Genius
这一篇我们需要更新一下华大空转的通讯分析。
思路有两种，我们先来看第一种，主要来自Stereopy。
最开始需要我们整理数据，整理的格式尽量和visium、xenium一致,至于采用cellbin还是bin模式，推荐cellbin。当然和华大合作的话，华大内部人员有SAW等分析方法，直接可以转换。
import stereo as st import warnings warnings.filterwarnings('ignore') data_path = 'cellbin.gef' data = st.io.read_gef(file_path=data_path, bin_type='cell_bins') adata = st.io.stereo_to_anndata(data, flavor='scanpy', output='output.h5ad')
这样数据格式完整对接常用的scanpy，squidpy分析，美中不足的是没有图片信息。
那么接下来我们讨论通讯分析的问题，其中Stereopy给到的策略是cellphoneDB V5的策略。
这里大家先做好细胞注释
策略就是 分析微环境+ 微环境通讯。
###Microenvironment data.tl.gen_ccc_micro_envs( cluster_res_key='celltype', res_key='ccc_micro_envs' ) ####分析通讯 d
