代谢组、性状与互作知识图谱

背景

近年来，生物多样性数据管理已成为全球保护工作的核心支柱。高效采集、结构化处理与分析生物多样性数据，是保护生物学、药物研发、疾病监测、生态预测及农业科技创新取得突破的关键。然而，生物多样性数据体量庞大、异质性强，常以孤立格式存储于特定领域数据库，与其他相关资源脱节。植物界核心数据包含３类：代谢组（植物产生的全部化合物）、性状（影响植物生长、存活、繁殖及生态系统过程的可测特征）、生物互作（植物与其他生物的关系，调控生态系统功能）。

https://github.com/earth-metabolome-initiative/metrin-kg

dishatandon.vit@gmail.com

dtandon@ebi.ac.uk

emmanuel.defossez@unine.ch

#知识图谱 #植物代谢组 #植物性状 #生物互作

方法

TRY数据库数据获取

表1  TRY数据库数据获取所用性状列表

缩写—SLA：比叶面积；LMA：叶干质量面积比；SSD：茎比密度；TPU：丙糖磷酸利用；PNUE：光合氮利用效率；WUE：水分利用效率

地球代谢组计划（EMI）本体

图1  地球代谢组计划（EMI）本体数据架构快照

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