在线版的CellOracle 虚拟串扰来了，你还在傻傻的敲代码？

一、什么是 CellOracle？

CellOracle 是 2023 年发表于《Nature》的单细胞多组学分析工具，由 Samantha Morris 团队研发。核心作用是构建细胞特异性基因调控网络（GRN），还能模拟转录因子扰动，预测基因敲除 / 过表达后的细胞命运分化趋势。

二、所需输入数据

基础仅需单细胞转录组数据，若搭配 scATAC-seq 染色质开放数据，可大幅提升调控网络推断的精准度。

三、工具使用难点

原生本地版流程繁琐、依赖环境复杂，极易出现版本冲突与代码报错，配置和调试门槛很高。

四、平台在线使用入口

为适配单细胞分析场景，我们平台开放两种进入方式：可从细胞注释、亚群合并任务结果跳转使用；原轨迹分析入口暂作下线，后续将单独上线专属分析工具。

五、平台操作步骤

筛选目标感兴趣细胞类型，导出 h5ad 格式文件，作为分析前置文件；

选取高可变基因，自动构建 GRN 基因调控网络；

选定待敲除目标基因，上传上一步生成并精简后的网络文件，即可模拟基因扰动，解析下游调控基因。

这里需要上传一个文件，文件来源第二步生成的文件，做个删减即可

相关结果可视化如下：

个人感觉比另外两个虚拟基因敲除更加直观，欢迎来测试

网址链接：https://www.ezygene.com/tool/CellOracle