基因名之间的转换

愿武艺晴小朋友一定得每天都开心！

常见的有以下几个场景：

1）Human 和 Mouse 的名字转换

library(homologene)
data <- pan_143downgenes_65upgenes_count
genelist <- data$GeneName
# inTax 是小鼠的基因名字 # outTax 是人的基因名字

# 因为人9606,小鼠10090
a<-homologene(genelist, inTax = 10090, outTax = 9606)
head(a)
rio::export(as.data.frame(a),"clipboard",row.names=TRUE)

2）SYMBOL 和 ENTREZID 之间的转换

library(clusterProfiler)
library(org.Mm.eg.db)
ENTREZID_to_SYMBOL <- read_excel("./ENTREZID_to_SYMBOL.xlsx")
ENTREZID <- bitr(ENTREZID_to_SYMBOL$sample,
fromType = "ENTREZID",
toType = "SYMBOL",
OrgDb = org.Mm.eg.db)

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