当我需要minimap2在输出sam文件中包含secondary alignment时，我认为默认的输出开关就应该是开着的，因此没有设置--secondary=yes，使用以下参数：
minimap2 -ax sr -t $threads ${INDEX} ${fastq_dictory}/${prefix}_qc2_1.fq.gz ${fastq_dictory}/${prefix}_qc2_2.fq.gz > align/${prefix}.${align_software}.${parameters}.sam
怎么看也没有secondary alignment，我以为是没有sort到一起，但是考虑到两点：
1. 整体name-sort会导致占用内存很大，因为你总要从头看到尾才能知道有没有漏掉的同名reads
2. minimap2在比对时默认就应该是按照name-sort做完一个做下一个，不存在在很远的地方重新再比一次的必要性
因此并没有直接使用samtools sort -n，那么我就设置上--secondary=yes，此时输出文件大了很多倍说明此时secondary alignment有被输出出来，经过less检查也确认了这一点，我起初还以为是-p的原因，直到打开man页面看到了-sr后面醒目的粗体括号我才想起来原来这里面把原设定改了，非常无语于自己无能的记忆力。
出名还是要趁早啊，老了记性就差了，差很多。